Об этом он сказал в интервью херсонскому изданию МОСТ.

Враги предлагали ему занять должность вместо гауляйтера оккупированных территорий в Херсонской области Украины Владимира Сальдо.

«Самой главной задачей россиян было склонить меня к сотрудничеству. Еще Сальдо не был „губернатором“, они говорили мне: „Можешь занимать это место“. И когда меня забирали на Севастополь, один из ФСБшников вышел и говорит: „Ну что, не передумал? Если не передумал, сейчас поедешь на Севастополь, одумаешься там за месяц-два, признаешь новую власть, будешь с нами сотрудничать. А мы за неделю-другую расфигачим ваши Силы ССО“», — вспоминает экс-мэр Херсона.

Он также рассказал, что оккупанты систематически пытали его, запугивали расстрелом и заставляли сниматься в пропагандистских видео.

«Они постоянно пытали. Один день больше, второй день меньше. В Херсоне я был где-то 16 суток. А в Севастополь когда привезли, раздели, спрашивают: „А что это такое?“ Я говорю: „Упал, 16 дней падал“. А потом принимали через два дня в Воронеже, там врач принимал, спросил: „А ты вообще дышать можешь?“ В Воронеже также избили, но Херсон мне очень запомнился. Когда я был в Севастополе, там был один парень из наших, врач, я ему тихонечко подошел и сказал, что, извините за подробности, в туалет хожу с желчью и кровью. Спросил, что они мне могли поотбивать. Он сказал, что после такого избиения нет ничего удивительного», — сказал Миколаенко.

В начале российской оккупации Миколаенко присоединился к территориальной обороне, после чего начал получать предложения о сотрудничестве от позже ликвидированного коллаборанта Кирилла Стремоусова, но ни на одно не согласился. Впоследствии ему начали угрожать.

18 апреля 2022 года Миколаенко похитили российские оккупанты. Сначала его удерживали в Херсоне, а затем вывезли через оккупированный Крым в Россию, и до ноября 2022 года о его судьбе информации не было.

В декабре 2022 года представители Международного комитета Красного Креста подтвердили, что экс-мэр Херсона находится в российской неволе. В мае 2025 года появилась информация о том, что он отказался от обмена в пользу тяжелобольного пленного в 2022 году, после чего его не включали в списки на обмен.

Миколаенко был городским головой Херсон с 2014 до 2020 года, до того принимал участие в местном Евромайдане. Он выразил свою жесткую позицию по недопущению провокаций в Херсоне и невозможности захвата города террористическими группировками.

24 августа состоялся обмен пленными, во время которого в Украину вернулись военнослужащие Вооруженных сил, Национальной гвардии, Государственной пограничной службы, ТрО, а также гражданские. Среди освобожденных гражданских — Миколаенко, журналисты Дмитрий Хилюк, Марк Калиуш, а также медик из батальона Госпитальеры Сергей Ковалев.