Микола Бабенко народився 17 вересня 1980 року. Закінчив Інститут міжнародних відносин Київського національного університету ім. Тараса Шевченка.
З 2001 року почав працювати помічником юриста.
У 2003 році розпочав приватну юридичну практику.
З 2010 року - депутат Київської обласної ради від партії Удар.
З 27 липня 2014 року по 10 листопада 2015 року - голова Київської обласної ради.
У 2012 році балотувався в Раду сьомого скликання у 211 одномандатному виборчому окрузі (Голосіївський район Києва) від партії УДАР, вибори програв.
У 2014 році балотувався в Раду восьмого скликання від Блоку Петра Порошенка в одномандатному виборчому окрузі № 90 (місто Біла Церква), вибори програв. Був помічником нардепа від Блоку Петра Порошенка Артура Палатного на громадських засадах.
У 2015 році балотувався до Київської обласної ради від Блоку Петра Порошенка в мажоритарному окрузі № 63 (Місто Біла Церква), вибори програв.
З 2015 року - засновник і директор ТОВ БіоПромЕнерго і Центру залучення інвестицій BC Invest.
У листопаді 2015 року став фігурантом антикорупційного розслідування Bihus.info. За даними журналістів, через півроку після того, як Бабенко очолив Київську обласну раду, протягом декількох місяців компанії групи Укртепло ще одного ударівця Івана Надєїна отримали тендерів на десятки мільйонів гривень.
Бабенко є главою ГО Біла Церква разом. У Раду дев'ятого скликання в 2019 році балотувався від однойменної партії (до травня 2018 року партія називалася Права воля України) у виборчому окрузі № 90. Виграв вибори, набравши 28,23% голосів виборців. Найближчі конкуренти - кандидат від Слуги народу Юрій Нестерчук (16%) і кандидатка від Голосу Наталія Бігарі (9,22%).
Бабенко - секретар Комітету ВР з питань соціальної політики та захисту прав ветеранів.
Одружений, має сина.