Новий очільник Національного центру Олександра Довженка працює в інституції з серпня 2022 року з моменту призначення виконавчим директором. Тоді команда займалася впорядкуванням фінансово-економічної діяльності та стабілізації роботи інституції. З грудня 2024 Ігор Гладун був в.о. генерального директора.
У Мінкульті також нагадали, що з вересня 2025 року Довженко-Центр має статус національного підприємства, таким чином позиції установи в професійній спільноті були посилені та закріплена її роль як ключової кіноархівної та культурної державної іституції.
«Команда Міністерства культури України та Державного агентства України з питань кіно продовжує спільну роботу з керівництвом Центру над стратегічними ініціативами з розвитку, збереження та популяризації української кінематографічної спадщини», — йдеться в повідомленні.
У 2022−2023 роках довкола посади генерального директора Довженко-центра вирував скандал. З 2021 року його очолювала культурна менеджерка Олена Гончарук.
У серпні 2022 ріоку Держкіно вирішило реорганізувати Довженко-центр таким чином, щоб усі фільми з колекції та майно підприємства було передано Державній установі Науковий центр кінематографії України, а зі структури мало бути виокремлене Державне підприємство Українська анімаційна студія, якій збиралися передати всі права на українську анімацію. Колектив Довженко-центра виступив проти цієї ідеї. У листопаді Держкіно залишило Олену Гончарук на посаді керівниці Музею кіно Довженко-Центру, а тимчасовим в. о. гендиректора Довженко-центру призначило Юлію Каждан, пообіцявши оголосити новий конкурс на посаду генерального директора. Колектив Довженко-Центру виступив із заявою, назвавши дії Держкіно рейдерським захопленням. ЗМІ виявили, що Юлія Каждан не має жодного досвіду в кіногалузі, вона є засновницею кінологічного центру, а також пропонує консультації з гіпнотерапії та психосоматики. Після чого Держкіно скасувало призначення і оголосило конкрус, який у лютому 2023 року вдруге виграла Олена Гончарук. Попри перемогу у конкурсі Держкіно не підписало контракт із Гончарук, СБУ провела обшуки у приміщенні Довженка-центру, вилучивши бухгалтерські документи. Колектив Довженко-центру звернувся до суду, щоб оскаржити дії Держкіно. В кінці червня 2023 року Держкіно скасувало наказ про реогранізацію, а у серпні Господарський суд міста Києва визнав наказ про реорганізацію незаконним. Пізніше Північний апеліційний суд скасував рішення Господарського суду, а у листопаді 2024 року Касаційний суд відхилив право на захист Довженко-Центру на «реогранізацію».
У лютому 2026 року нова міністерка культури України і віцепрем'єр-міністерка Тетяна Бережена повідомила, що конфілкт між Держкіно та Довженко-Центром залагоджений і йде пошук кандидатури на посаду гендиректора інституції.