Об этом говорится в письме к главе иранского внешнеполитического ведомства, пишет Al Jazeera со ссылкой на иранские СМИ.
"Я считаю, что принятие вашей отставки было бы против выгоды страны, поэтому я отвергаю ее", - сказал Рухани.
Ранее сообщалось, что министр иностранных дел Ирана Мохаммад Джавад Зариф подал в отставку.
Зариф сыграл важную роль в заключении в 2015 году ядерной сделки между Ираном и постоянными членами Совета Безопасности ООН и Германией.
Эта сделка сейчас находится под угрозой срыва после того, как президент США Дональд Трамп принял решение выйти из соглашения и вернул санкции против иранского режима в 2018 году.
Историческая сделка по иранской ядерной программе от 2015 года предусматривает снятие части санкций с Ирана в обмен на ограничение его возможностей по обогащению и хранению ядерных материалов.